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Developmental Coexpression (AtGenExpress + ATTED-II promoter motif) Full

Developmental Microarray Expression Data (AtGenExpress) of plant developmental tissues, combined with CEG coexpression analysis regulatory (7mer) motif calculations (ATTED-II). We took the median of triplicate measurements from AtGenExpress, then sorted the developmental series into plant organs (Flower, Leaf, Root, Stem, Fruit & Seeds), with one category for seedlings (8 days old or less) and another for whole plants (older than 8 days). Gene Loci without expression data or motif data were removed from this database.

References (for ATTED-II):
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17130150
References (for AtGenExpress)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15806101


Descriptions for each data table:
AtGenExpress_ATTED_Flowering
This collection of Gene Expression Properties are associated with flowering tissues.
AtGenExpress_ATTED_Fruit_Seeds
This collection of Gene Expression Properties are associated with fruit and seed tissues.
AtGenExpress_ATTED_Leaf
This collection of Gene Expression Properties are associated with leaf tissues.
AtGenExpress_ATTED_Root
This collection of Gene Expression Properties are associated with root tissues.
AtGenExpress_ATTED_Seedling
This collection of Gene Expression Properties are associated with seedling tissues.
AtGenExpress_ATTED_Stem
This collection of Gene Expression Properties are associated with stem tissues.
AtGenExpress_ATTED_Whole_Plant
This collection of Gene Expression Properties are associated with whole plant body parts.
Heptamer_elements A list of the 7mer sequence motifs from ATTED-II. This table lists each 7mer along with the calculated CEG value and the position from the TSS of the maximum CEG value.
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ファイル名
AtGenExpress_ATTED_Flowering
テーブルデータ (テキスト)
2013.1.17
4.4MB
テーブルデータ (Excel)
2013.1.17
7.8MB
RDF (Turtle)
2013.1.17
37.5MB
AtGenExpress_ATTED_Fruit_Seeds
テーブルデータ (テキスト)
2013.1.17
2.6MB
テーブルデータ (Excel)
2013.1.17
4.2MB
RDF (Turtle)
2013.1.17
14.0MB
AtGenExpress_ATTED_Leaf
テーブルデータ (テキスト)
2013.1.17
3.2MB
テーブルデータ (Excel)
2013.1.17
5.4MB
RDF (Turtle)
2013.1.17
22.2MB
AtGenExpress_ATTED_Root
テーブルデータ (テキスト)
2013.1.17
2.4MB
テーブルデータ (Excel)
2013.1.17
3.9MB
RDF (Turtle)
2013.1.17
12.3MB
AtGenExpress_ATTED_Seedling
テーブルデータ (テキスト)
2013.1.17
2.9MB
テーブルデータ (Excel)
2013.1.17
4.8MB
RDF (Turtle)
2013.1.17
18.2MB
AtGenExpress_ATTED_Stem
テーブルデータ (テキスト)
2013.1.17
2.1MB
テーブルデータ (Excel)
2013.1.17
3.3MB
RDF (Turtle)
2013.1.17
9.2MB
AtGenExpress_ATTED_Whole_Plant
テーブルデータ (テキスト)
2013.1.17
2.1MB
テーブルデータ (Excel)
2013.1.17
3.3MB
RDF (Turtle)
2013.1.17
9.2MB
Heptamer_elements
テーブルデータ (テキスト)
2012.10.10
12.4KB
テーブルデータ (Excel)
2012.10.10
51.5KB
RDF (Turtle)
2012.10.10
134.9KB
PPDB_position
テーブルデータ (テキスト)
2013.1.17
518.6KB
テーブルデータ (Excel)
2013.1.17
1.6MB
RDF (Turtle)
2013.1.17
1.3MB
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合計ダウンロード数 1196回
最初に登録した日 2012年10月10日
最後に更新した日 2013年3月6日

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