PromoterCAD

Developmental Genomic (AtGenExpress + PPDB promoter motif) normalized

Normalized Expression Data of AtGenExpress plant developmental tissues, combined with LDSS sequence analysis of regulatory (8mer) motif calculations (PPDB).

References (for PPDB):
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17947329
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17346352
References (for AtGenExpress)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15806101

Descriptions for each data table:

AtGenExpress_PPDB_Flowering_normalize	This collection of Gene Expression Properties are associated with flowering tissues.
AtGenExpress_PPDB_Fruit_Seeds_normalize	This collection of Gene Expression Properties are associated with fruit and seed tissues.
AtGenExpress_PPDB_Leaf_normalize	This collection of Gene Expression Properties are associated with leaf tissues.
AtGenExpress_PPDB_Root_normalize	This collection of Gene Expression Properties are associated with root tissues.
AtGenExpress_PPDB_Seedling_normalize	This collection of Gene Expression Properties are associated with seedling tissues.
AtGenExpress_PPDB_Stem_normalize	This collection of Gene Expression Properties are associated with stem tissues.
AtGenExpress_PPDB_Whole_Plant_normalize	This collection of Gene Expression Properties are associated with whole plant body parts.

License

We would like to thank Dr. Yoshiharu Yamamoto for supplying the data of PPDB (Plant Promoter Database) for PromoterCAD & GenoCon2 competition. License of this work's data is according to the intentions of the PPDB original data source.
http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-bin/license.cgi

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ファイル名
AtGenExpress_PPDB_Flowering_normalize			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.5.10	8.7MB
テーブルデータ (Excel)	2013.5.10	14.7MB
RDF (Turtle)	2013.5.10	38.8MB
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AtGenExpress_PPDB_Fruit_Seeds_normalize			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.5.10	4.6MB
テーブルデータ (Excel)	2013.5.10	7.0MB
RDF (Turtle)	2013.5.10	15.4MB
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_PPDB_Leaf_normalize			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.5.10	6.0MB
テーブルデータ (Excel)	2013.5.10	9.6MB
RDF (Turtle)	2013.5.10	23.6MB
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_PPDB_Root_normalize			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.5.10	4.2MB
テーブルデータ (Excel)	2013.5.10	6.2MB
RDF (Turtle)	2013.5.10	13.7MB
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_PPDB_Seedling_normalize			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.5.10	5.3MB
テーブルデータ (Excel)	2013.5.10	8.3MB
RDF (Turtle)	2013.5.10	19.6MB
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_PPDB_Stem_normalize			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.5.10	3.7MB
テーブルデータ (Excel)	2013.5.10	5.2MB
RDF (Turtle)	2013.5.10	10.6MB
		その他の形式のAPIリストを表示
AtGenExpress_PPDB_Whole_Plant_normalize			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2013.5.10	3.7MB
テーブルデータ (Excel)	2013.5.10	5.1MB
RDF (Turtle)	2013.5.10	10.6MB
		その他の形式のAPIリストを表示

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投稿者メッセージ送信	Koro_Nishikata
共同編集者	Robert Cox
関連するWebサイト	http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-... http://arabidopsis.org/servlets/TairOb...
データのリファレンス	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/179... http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/173... http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/158...
合計ダウンロード数	700回
最初に登録した日	2013年3月5日
最後に更新した日	2013年5月10日

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