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GenoCon2 Challenge A - Developmental Genomic (AtGenExpress + PPDB promoter motif)

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Developmental Microarray Expression Data (AtGenExpress) of plant developmental tissues, combined with LDSS sequence analysis of regulatory (8mer) motif calculations (PPDB). We took the median of triplicate measurements from AtGenExpress, then sorted the developmental series into plant tissues, with one category for seedlings (8 days old or less) and another for whole plants (older than 8 days). For each motif, we calculated the position relative to the TSS as determined experimentally (PPDB).

References (for PPDB):
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17947329
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17346352
References (for AtGenExpress)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15806101

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ファイル名
AtGenExpress_PPDB_Flowering			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2012.9.21	21.5KB
テーブルデータ (Excel)	2012.9.21	49.0KB
RDF (Turtle)	2012.9.21	78.2KB
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AtGenExpress_PPDB_Fruit_Seeds			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2012.9.21	13.9KB
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RDF (Turtle)	2012.9.21	51.0KB
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AtGenExpress_PPDB_Leaf			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2012.9.21	16.4KB
テーブルデータ (Excel)	2012.9.21	37.5KB
RDF (Turtle)	2012.9.21	59.2KB
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AtGenExpress_PPDB_Root			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2012.9.21	13.1KB
テーブルデータ (Excel)	2012.9.21	30.0KB
RDF (Turtle)	2012.9.21	48.0KB
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AtGenExpress_PPDB_Seedling			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2012.9.21	15.1KB
テーブルデータ (Excel)	2012.9.21	34.5KB
RDF (Turtle)	2012.9.21	55.3KB
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AtGenExpress_PPDB_Stem			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2012.9.21	12.2KB
テーブルデータ (Excel)	2012.9.21	27.5KB
RDF (Turtle)	2012.9.21	44.7KB
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AtGenExpress_PPDB_Whole_Plant			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2012.9.21	12.2KB
テーブルデータ (Excel)	2012.9.21	27.5KB
RDF (Turtle)	2012.9.21	44.9KB
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Octamer_elements			Action テーブルデータの内容を見る APIリストを表示する地図を表示する RDFをチェックするテーブルデータの再利用
テーブルデータ (テキスト)	2012.9.21	16.2KB
テーブルデータ (Excel)	2012.9.21	50.0KB
RDF (Turtle)	2012.9.21	115.1KB
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関連するWebサイト	http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-...
データのリファレンス	http://arabidopsis.org/servlets/TairOb...
合計ダウンロード数	4011回
最初に登録した日	2012年7月31日
最後に更新した日	2012年9月21日

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